农业部长江中下游籼稻遗传育种重点实验室依托湖南省水稻研究所建设，是以水稻为研究对象的多学科综合性省级科研机构。2011年获农业部批准，是农业部33个学科群中水稻生物学与遗传育种学科群领域区域性重点实验室之一。重点实验室的主要任务是围绕制约长江中下游籼稻产业发展的重大关键问题，开展关键与共性技术研究，攻克该区域籼稻产业核心技术，为区域水稻产业发展提供新品种、新技术和新产品，为国家粮食安全提供技术支撑。
2017年获得农业部1490万元专项经费支持，其中中央预算内投资1391万元，地方投资136万元，用于购置仪器设备35台（套）。项目建成后，将显著提高水稻生物学与遗传育种学科群在水稻特异种质创新、水稻产量与品质形成机理、水稻环境生物学、水稻重要性状基因鉴定平台等领域研究能力。